Η νομοθεσία της Ένωσης υποχρεώνει τα κράτη μέλη να λαμβάνουν τα αναγκαία μέτρα ώστε η διαχείριση των αποβλήτων να πραγματοποιείται χωρίς να τίθεται σε κίνδυνο η ανθρώπινη υγεία και χωρίς να βλάπτεται το περιβάλλον. Τα κράτη μέλη υποχρεούνται επίσης να απαγορεύουν την εγκατάλειψη, την απόρριψη ή την ανεξέλεγκτη διαχείριση των αποβλήτων. Εξάλλου, η χορήγηση άδειας λειτουργίας ΧΥΤΑ εξαρτάται από τη συνδρομή ορισμένων προϋποθέσεων, ενώ οι επιπτώσεις έργων που ενδέχεται να επηρεάσουν σε σημαντικό βαθμό έναν τόπο πρέπει να εκτιμώνται δεόντως λαμβανομένων υπόψη των στόχων διατήρησης των οικοτόπων, καθώς και της άγριας πανίδας και χλωρίδας.
Το εθνικό θαλάσσιο πάρκο της Ζακύνθου έχει συμπεριληφθεί από το 2006 στις «περιοχές Natura 2000» λόγω της παρουσίας της θαλάσσιας χελώνας «Caretta-Caretta». Ωστόσο, τα περιβαλλοντικά προβλήματα που προκαλεί από το 1999 η λειτουργία ΧΥΤΑ εντός του πάρκου έχουν σοβαρές επιπτώσεις στον φυσικό οικότοπο του συγκεκριμένου είδους χελώνας.
Συγκεκριμένα, ο σχεδιασμός διαχειρίσεως αποβλήτων για την περιφέρεια των Ιονίων Νήσων προέβλεπε από το 2005 (έτος της προγραμματισμένης παύσεως λειτουργίας του υφιστάμενου ΧΥΤΑ) την κατασκευή νέου ΧΥΤΑ σε άλλη θέση στη Ζάκυνθο. Το 2005, ο Σύνδεσμος Διαχείρισης Στερεών Αποβλήτων Νομού Ζακύνθου πρότεινε 5 πιθανές θέσεις για τον νέο ΧΥΤΑ (για δύο εξ αυτών, οι οποίες βρίσκονται σε ορεινή περιοχή, δόθηκε άλλωστε θετική γνωμοδότηση το 2008). Ωστόσο, ο εν λόγω Σύνδεσμος παρέλειψε να υποβάλει μελέτες περιβαλλοντικών επιπτώσεων για την κατασκευή του νέου ΧΥΤΑ.
Ο υφιστάμενος ΧΥΤΑ εξακολουθεί να λειτουργεί εντός του θαλάσσιου πάρκου, παρά το γεγονός ότι η άδεια λειτουργίας του και οι σχετικοί περιβαλλοντικοί όροι έχουν παύσει να ισχύουν από το 2006. Συγκεκριμένα, αποφασίστηκε, παράλληλα με τις εργασίες αποκαταστάσεως και βελτιώσεως του χώρου, να συνεχιστεί η εναπόθεση των αποβλήτων της Ζακύνθου στον εν λόγω ΧΥΤΑ έως την έναρξη λειτουργίας του νέου ΧΥΤΑ (ή έως τις 31 Δεκεμβρίου 2015, ημερομηνία λήξεως της ισχύος των νέων περιβαλλοντικών όρων, η οποία ανανεώθηκε το 2011 με υπουργική απόφαση).
Θεωρώντας ότι η Ελλάδα παρέβη την περιβαλλοντική νομοθεσία της Ένωσης, η Επιτροπή άσκησε προσφυγή λόγω παραβάσεως ενώπιον του Δικαστηρίου.
Με τη σημερινή απόφασή του, το Δικαστήριο επισημαίνει ότι η Ελλάδα δεν αμφισβητεί τα πραγματικά περιστατικά που παραθέτει η Επιτροπή ούτε τον κίνδυνο που συνεπάγονται για το περιβάλλον οι δυσλειτουργίες του ΧΥΤΑ. Διαπιστώνει ότι η ανανέωση της άδειας λειτουργίας του ΧΥΤΑ εμπεριέχει κινδύνους για την περιοχή Natura 2000.
Κατά συνέπεια, το Δικαστήριο κρίνει ότι, διατηρώντας σε λειτουργία στη Ζάκυνθο ένα δυσλειτουργικό και κορεσμένο χώρο υγειονομικής ταφής αποβλήτων, ο οποίος δεν πληροί τις προϋποθέσεις και απαιτήσεις της περιβαλλοντικής νομοθεσίας της Ένωσης, η Ελλάδα παρέβη τις υποχρεώσεις που υπέχει από την οδηγία για τα απόβλητα και την οδηγία για την υγειονομική ταφή των αποβλήτων.
Εξάλλου, έχοντας ανανεώσει την άδεια λειτουργίας του συγκεκριμένου ΧΥΤΑ κατά παράβαση της νομοθεσίας της Ένωση, η Ελλάδα παρέβη και τις υποχρεώσεις που υπέχει από την οδηγία για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων.
