Η συγκομιδή των καρπών των εσπεριδοειδών κλιμακώνεται κατά τη διάρκεια όλου του χρόνου, όμως εντείνεται τώρα με την έναρξη του χειμώνα. Η συλλογή γίνεται πάντοτε με τα χέρια και όταν οι καρποί είναι στεγνοί. Ο χειρισμός των καρπών κατά τη συγκομιδή, μεταφορά, συσκευασία, αποθήκευση, διακίνηση και εμπορία πρέπει να είναι εξαιρετικά προσεκτικός για την αποφυγή πληγών ακόμη και αμυχών. Υπόψη ότι οι περισσότερες πληγές και αμυχές των καρπών και συνεπώς οι μολύνσεις συμβαίνουν κατά τη συγκομιδή.
Συλλέγονται μόνο οι υγιείς καρποί, χωρίς φύλλα και μίσχο για την αποφυγή της μετάδοσης σοβαρών ασθενειών, όπως του ιού της τριστέτσας και του άκαρι Eutetranychus orientalis.
Απορρίπτονται όσοι έχουν ακόμη και πολύ μικρές πληγές. Τα καφάσια και γενικά τα δοχεία όπου τοποθετούνται οι καρποί αμέσως μετά την κοπή τους από τα δέντρα πρέπει να είναι εντελώς καθαρά, απολυμασμένα με διάλυμα χλωρίνης και εντελώς στεγνά.
Οι καρποί των εσπεριδοειδών μπορούν να παραμένουν για μεγάλα διαστήματα πάνω στα δέντρα χωρίς σημαντική εμπορική υποβάθμιση, ειδικότερα τα γκρέιπ φρουτ όταν βοηθούν οι καιρικές συνθήκες (έλλειψη παγετών, ισχυρών βροχοπτώσεων).
Οι όποιες βλάβες στην επιδερμίδα των καρπών αποτελούν αφύλακτη είσοδο για τα πενικίλλια, μύκητες που προκαλούν τις πολύ γνωστές κοινές σήψεις. Εάν οι καρποί των εσπεριδοειδών προορίζονται για εξαγωγή ή πρόκειται να διατηρηθούν για σχετικά μεγάλο χρονικό διάστημα, είναι απαραίτητη η προληπτική χημική μετασυλλεκτική καταπολέμηση.
Για να είναι επιτυχής η χημική καταπολέμηση, πρέπει να εφαρμοστεί το ταχύτερο δυνατό μετά συγκομιδή. Όμως τα φάρμακα αντιμετωπίζουν μόνο πρόσφατες μολύνσεις.