Η συζήτηση σχετικά με την ανάγκη επιστημονικής λήψης αποφάσεων στη γεωργία της ΕΕ κατέχει κεντρικό ρόλο τα τελευταία χρόνια, και έτι περισσότερο αναπτύχθηκε κατά τη διάρκεια της τελευταίας εντολής της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, προκαλώντας έντονες αντιδράσεις μεταξύ των ενδιαφερόμενων μερών.
Ορισμένα θέματα που αφορούν από την έγκριση των φυτοφαρμάκων, όπως το glyphosate, μέχρι την αγροτική ακρίβεια και την αναπαραγωγή φυτών, προκάλεσαν έντονες αντιδράσεις μεταξύ των πολιτικών, της βιομηχανίας και των μερών της κοινωνίας των πολιτών.
Μια άλλη καυτή πατάτα έρχεται τώρα στα χέρια της επόμενης εκτελεστικής εξουσίας της ΕΕ, και δεν είναι άλλη από τις νέες τεχνικές αναπαραγωγής φυτών που θα κληθούν να διαχειριστούν.
Τον Ιούλιο του 2018, το Δικαστήριο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων (ΔΕΚ) αποφάνθηκε ότι οι οργανισμοί που λαμβάνονται με μεταλλαξιογένεση ή γονιδιωματική τεχνική αναπαραγωγής είναι γενετικά τροποποιημένοι οργανισμοί (ΓΤΟ) και πρέπει, κατ 'αρχήν, να εμπίπτουν στην οδηγία για τους ΓΤΟ.
Η δικαστική απόφαση προκάλεσε έντονες συζητήσεις. Η βιομηχανία και οι αγρότες δήλωσαν ότι η απόφαση αυτή θα έπληγε σοβαρά την ανταγωνιστικότητα της γεωργίας της ΕΕ, ενώ οι περιβαλλοντολόγοι το χαιρέτισαν, λέγοντας ότι "οι κρυμμένοι ΓΤΟ" παρεμποδίστηκαν να εισέλθουν στην Ευρώπη μέσω της πίσω πόρτας.
Η βιομηχανία γεωργικών προϊόντων διατροφής, με τη σειρά της, δηλώνει ότι η καινοτομία είναι πραγματικά αναγκαία προκειμένου να τροφοδοτηθεί ένας αυξανόμενος πληθυσμός και ταυτόχρονα να μειωθεί το περιβαλλοντικό αποτύπωμα της εντατικής καλλιέργειας.
Σε αντιδιαστολή αυτών, αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι η ανταγωνιστικότητα της γεωργίας της ΕΕ έχει συρρικνωθεί εξαιτίας της έλλειψης καινοτομίας. Μάλιστα καθυστερεί σημαντικά σε σύγκριση με τις προοδευτικά αυξανόμενες αγορές της Κίνας ή της Ινδίας. Η άνοδος, όμως, των «πράσινων» κομμάτων ανά την Ευρώπη αναμένεται να ασκήσει πίεση στους υπεύθυνους χάραξης πολιτικής.
