Σύμφωνα με την οδηγία τα κράτη πρέπει να εξασφαλίζουν πως καταρτίζεται ένα σχέδιο διαχείρισης για κάθε περιοχή λεκάνης απορροής ποταμού που ευρίσκεται εξ ολοκλήρου στο έδαφός τους. Στο έδαφος της Eλλάδας υπάρχουν 14 Περιοχές Λεκάνης Απορροής Ποταμών, 5 εκ των οποίων είναι διεθνείς (με FYROM, Αλβανία, Βουλγαρία στα βορειοδυτικά και με Τουρκία στα βορειοανατολικά). Το Διεθνές Ευρωπαϊκό Δικαστήριο αποφάνθηκε ότι η Ελλάδα μη έχοντας καταρτίσει το ανωτέρω σχέδιο έως τις 22 Δεκεμβρίου 2009, μη έχοντας αποστείλει αντίγραφο του σχεδίου έως τις 22 Μαρτίου 2010 στην Επιτροπή και μη έχοντας εκκινήσει τη διαδικασία ενημέρωσης του κοινού και των σχετικών διαβουλεύσεων σχετικά με τα Προσχέδια Διαχείρισης Λεκανών Απορροής Ποταμών έως τις 22 Δεκεμβρίου 2008, παρέβη τις υποχρεώσεις της βάσει της παραπάνω οδηγίας. Αξίζει να σημειωθεί πως το Διεθνές Ευρωπαϊκό Δικαστήριο είχε καταδικάσει την Ελλάδα για παραβίαση της ίδιας οδηγίας στις 31 Ιανουαρίου 2008 (βλ. απόφαση C-264/07).
