Η διαδικασία έχει ως εξής:
1. Οι συμβάσεις παράδοσης πρώτης ύλης μεταξύ γεωργών και μεταποιητών πρέπει να έχουν κατατεθεί στις κατά τόπους Διευθύνσεις Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής των Περιφερειακών Ενοτήτων μέχρι τις 15 Μαΐου 2012, δηλαδή την καταληκτική ημερομηνία κατάθεσης της Ενιαίας Αίτησης Ενίσχυσης, στα πλαίσια του Ολοκληρωμένου Συστήματος (Ο.Σ), όπου και δηλώνονται οι καλλιεργούμενες εκτάσεις ενεργειακών καλλιεργειών.
2.Οι γεωργοί δηλώνουν υποχρεωτικά σε κάθε αγροτεμάχιο που καλλιεργούν με ενεργειακά φυτά το 2012 (Κωδικοί Ομάδων Καλλιέργειας 16 και 16.1): α) την επωνυμία του μεταποιητή με τον οποίο έχουν συνάψει σύμβαση για την έκταση και καλλιέργεια του συγκεκριμένου αγροτεμαχίου, και β) τον αριθμό και ημερομηνία της σύμβασης προκειμένου τα στοιχεία να είναι έγκυρα για να ληφθούν υπόψη στην κατανομή βιοντίζελ.
3. Δεν απαιτείται, εκ μέρους των μεταποιητών, η κατάθεση εγγυητικής επιστολής καλής εκτέλεσης των συμβάσεων.