Η εταιρία άσκησε κατά της πράξης αυτής αίτηση ακυρώσεως ενώπιον του αιτούντος δικαστηρίου, του Συμβουλίου της Επικρατείας, το οποίο παρέπεμψε το ένδικο αυτό βοήθημα στο Διοικητικό Πρωτοδικείο Αθηνών. Ενώπιον αυτού, η εταιρία υποστήριξε ότι το άρθρο 3, παράγραφος 3, του κανονισμού 2062/92 είναι ανίσχυρο ως διάταξη αναδρομικής ισχύος, καθώς και ότι η ρύθμιση αυτή παραβιάζει την αρχή της προστασίας της δικαιολογημένης εμπιστοσύνης. Το Διοικητικό Πρωτοδικείο Αθηνών απέρριψε την προσφυγή ως αβάσιμη και η εταιρία άσκησε έφεση κατά της απορριπτικής απόφασης ενώπιον του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών. Αυτό την απέρριψε με το σκεπτικό, αφενός, ότι το άρθρο 3, παράγραφος 3, του κανονισμού 2062/92 δεν είχε αναδρομική ισχύ, δεδομένου ότι δεν συσχετίζεται με τον χρόνο της σύναψης των επίμαχων συμβάσεων καλλιέργειας, αλλά με την ποιότητα του καπνού, και, αφετέρου, ότι ο κανονισμός αυτός δεν παραβίαζε την αρχή της προστασίας της δικαιολογημένης εμπιστοσύνης.
Η ‘’Καπνική Α. Μιχαηλίδης Α.Ε.’’ άσκησε αναίρεση κατά της απόφασης του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας. Το Συμβούλιο της Επικρατείας διατηρούσε αμφιβολίες ως προς το κύρος της ως άνω διάταξης, κατά το μέρος που αυτή ενδέχεται να αντιβαίνει στις αρχές της μη αναδρομικότητας των κανόνων δικαίου και της προστασίας της δικαιολογημένης εμπιστοσύνης. Έτσι, το Συμβούλιο της Επικρατείας αποφάσισε να αναστείλει την ενώπιόν του διαδικασία και να υποβάλει στο Δικαστήριο το εξής προδικαστικό ερώτημα για την έκδοση προδικαστικής αποφάσεως:
«Η διάταξη του άρθρου 3[, παράγραφος 3,] του [κανονισμού 2062/92], με την οποία ορίζεται ότι όταν η ποσότητα καπνού σε φύλλα χαμηλότερης ποιότητας που αγοράζεται από έναν μεταποιητή υπερβαίνει, σε σχέση με τις συνολικές αγορές της εν λόγω ποικιλίας, το ποσοστό που αναφέρεται στο παράρτημα IV, η πριμοδότηση μειώνεται κατά 30 % για την ποσότητα που υπερβαίνει το εν λόγω ποσοστό, παραβιάζει την αρχή της μη αναδρομικότητας των κανόνων δικαίου και την αρχή της προστασίας δικαιολογημένης εμπιστοσύνης;»
Με τη σημερινή του απόφαση, το ΔΕΕ αποφαίνεται ότι από την εξέταση του προδικαστικού ερωτήματος δεν προέκυψε κανένα στοιχείο ικανό να επηρεάσει το κύρος του άρθρου 3, παράγραφος 3, του κανονισμού υπό το πρίσμα των αρχών της μη αναδρομικότητας των κανόνων δικαίου και της προστασίας της δικαιολογημένης εμπιστοσύνης. Επίσης, έκρινε ότι ο κανονισμός 2062/92, συμπεριλαμβανομένου του άρθρου 3, παράγραφος 3, του κανονισμού αυτού είχε αναδρομική ισχύ.
